Aukščiausias IFPA valdymo organas yra visuotinis narių susirinkimas, kuriame yra 18 narių.
Visuotinis narių susirinkimas kas dvejus metus išrenka 7 narių Valdybą.
Valdyba kas dvejus metus skiria asociacijos direktorių.
Valdybos pirmininkė
Liudvika Starkienė, AMGEN SWITZERLAND AG VILNIAUS FILIALAS
Pirmininkės pavaduotoja
Jolanta Dičkutė, BIOGEN LITHUANIA
Valdybos narys
Liudas Krisiukėnas, ABBVIE
Valdybos narė
Ramunė Lauciuvienė, NOVARTIS BALTICS LIETUVOS FILIALAS
Valdybos narė
Solveiga Kurtinaitytė, BAYER
Valdybos narys
Armen Manukian, MERCK SHARP & DOHME
Valdybos narys
Audrūnas Kučinskas, JOHNSON & JOHNSON
IFPA direktorė
Jūra Smilgaitė
Etikos ir atitikties reikalų komitetas
Reguliacinių reikalų komitetas
Vaistų prieinamumo gerinimo komitetas
Medicinos reikalų komitetas
Finansų komitetas
Personalizuotos medicinos komitetas